La temporada 1999/2000 arrancó con el título de la Supercopa de España frente al Barcelona y siguió con un meritorio 3º puesto en la Liga por detrás de Deportivo de La Coruña y FC Barcelona, pero esta temporada quedará sobre todo en el recuerdo por la primera final de la Liga de Campeones disputada por el club valenciano. La Supercopa de España en 1999 se sumaría al palmarés valencianista, con Héctor Cúper ya en el banquillo, al ganar 1-0 en Mestalla y empatar 3-3 en el Camp Nou al Barcelona, campeón de Liga.
