Para la temporada 2003-04, Jupp Heynckes abandonaba el banquillo para ser sustituido por Ernesto Valverde, sudadera de liverpool un entrenador de la casa que acababa de subir del filial. En la Copa de la UEFA alcanzó los cuartos de final, donde fue eliminado por el Inter de Milán en una igualada y vibrante eliminatoria, en la que terminó defendiendo la portería italiana el ex-valencianista Farinós.